Los orígenes de esta iglesia se remontan al siglo X, cuando en su lugar había una capilla adosada a un hospicio.
Ya en el siglo XIII se construyó sobre esta pequeña capilla una iglesia gótica. El aspecto con el que la vemos actualmente data del siglo XIV. La burguesía que habitaba esta parte de la ciudad decidió erigir un templo que compitiera en importancia y belleza con la Catedral de San Vito, situada en la otra orilla del Moldava.
Por eso, la Iglesia de Nuestra Señora de Tyn ha sido apodada cariñosamente como “catedral de los burgueses”.