Un donativo de Maisel
Fue construida entre 1590 y 1592 como una sinagoga privada del Alcalde de la Ciudad Judía, Mordejai Maisel, el cual obsequió a la sinagoga un gran número de preciosos objetos ceremoniales.
Su extenso y suntuoso edificio reposaba sobre 20 pilares, aunque pasó por varias remodelaciones por años. Fue víctima del incendio de 1689 y en la subsiguiente reconstrucción el número de pilares fue reducido a 14.
Durante la Segunda Guerra Mundial los Nazis almacenaron en ella unos 6000 objetos de valor artístico procedentes de las demás 153 sinagogas de Bohemia y Moravia con la intención de fundar un museo antisemita en Praga.
En actualidad la Sinagoga Maisel alberga la exposición permanente del Museo Judío sobre la Historia de los Judíos en Bohemia y Moravia desde el siglo X hasta siglo XVIII.